Bir bilgisayar programcısı olan Thomas Anderson aynı zamanda Neo nickname'li çok usta bir "hacker" dır. Ancak siyah takım elbiseli ve gözlüklü adamların yakın takibindedir. Bu takibin nedenini ise karşılaşacağı Morpheus'dan öğrenecektir. Neo, birden kendini Morpheus'un anlattıklarına güvenmek zorunda kaldığı büyük bir komplonun içinde bulacaktır. İçinde yaşadığımızı sandığımız bu dünya tamamiyle aldatıcıdır. Tüm insanlık aslında uzaydan gelen yaratıkların köleleridir. Neo, Trinity ve Morpheus'un da yardımıyla kendilerini bu düzeni yıkmaya adayan bir grubun içine katılır.
Neo (Keanu Reeves) ve diğer özgür insanlar, Makinelerin kontrolündeki gerçek dünyadan kaçmayı başarırlar. Neo, Matrix'in içinde bulunan Agent Smith ile olan son dövüşünde onu yenmeyi başarır. Neo, Agent Smith'in kontrol ettiği bedene giriş yapar ve onu yok eder. Bu, Neo'nun "The One" yani seçilmiş kişi olduğunu ve Matrix'in kuralını kırmaya yetkin olduğunu gösterir.